目前来说纯净水生产线的杀菌消毒设备由臭氧杀菌器和紫外线杀菌器两种组成，一种是气体杀菌，一种是光照杀菌。
臭氧杀菌器是利用臭氧的强氧化性而达到杀菌的目的。臭氧是强烈的氧化剂，其杀菌作用比氯高15∽30倍，在一定浓度下作用5∽10min，臭氧对各种菌类都可以达到灭菌的程度。国外已将其广泛用于水的消毒处理以除臭、除色等，国内在矿泉水、纯净水生产中应用于灭菌也很普遍。
而紫外线杀菌器，当微生物受紫外光照射后，微生物的蛋白质和核酸吸收紫外光谱能量，导致蛋白质变性，引起微生物死亡。紫外线对清洁透明的水具有一定的穿透能力，所以能使水消毒。紫外线杀菌不能改变水的物理化学性质，杀菌速度快、效率高、无异味，因此得到广泛应用。
不论使用臭氧杀菌也好，还是紫外线杀菌也好，其目的都是杀灭水中存在的各种病菌和各种微生物，使处理过的水更健康，安全。对于目前来说臭氧灭菌使用更广泛，其灭菌率高达99.9%。
